A decir verdad la mayoria de las personas piensan lo mismo pero la diferencia es que:

La margarina es industrializada, esta se realiza a partir de aceites vegetales y su sabor es artificial debido a los conservantes y aditivos para que así tenga mayor duración

La mantequilla es un producto más natural, porque es derivada de la leche y no contiene aditivos adicionales. Esta es como decir mas casera.

Saludos espero que haya aclarado tu duda.